Таен пратеник на френското правителство се среща с генерала масон и иска от него да спрат убийствата на ВМРО в Югославия
На 8 юли 1928 г. около 1 часа през нощта (според някои данни около 23,30 предния ден) двама души се отправят към дворната врата на ъглова къща на улиците “Екзарх Йосиф” и “Цар Самуил”. От тъмнината изскачат други трима, които стрелят по тях с пистолети, двамата се свличат на земята, а нападателите, след като чуват стъпки на приближаващи стражари, изчезват. Смъртоносно ранен e генерал Александър Протогеров, а на място е убит телохранителят му Атанас Гоцев. И двамата са откарани в Александровска болница, където генералът след два часа умира. Полицейското разследване установява, че
в тялото му са попаднали 4 куршума като два са в главата
Двете тела, вече балсамирани, са пренесени вечерта в църквата “Свети Седмочисленици”.
Същия ден там се е състоял и траурният ритуал по повод смъртта на проф. Иван Шишманов, бивш министър на народното просвещение, който е починал в Осло две седмици преди това.
Погребението на Протогеров и Гоцев е на 10 юли. Опелото започва в 16,00 часа и е извършено от софийския митрополит Стефан и още 16 свещеници. На възглавнички са положени над 50-те ордена на генерала, голяма част от тях – чуждестранни. Присъстват представители на двореца, бивши министри и народни представители, включително и от сформираната тогава Македонска парламентарна група – Илинденската, че и от добруджански организации и дори от Женския съюз. Над 10 000 софиянци са около църквата и по съседните улици. Протогеров е една от най-видните политически и обществени личности в началото на миналия век, а и виден масон, член на Френската ложа. Оценяван е като реалист и трезвомислещ политик и военен.
Според спомените на ген. Сава Савов, министър на войната от 23 юни до 28 октомври, във втория ден на октомври цар Фердинанд извиква на тайна среща в двореца Александър Протогеров. Седмица преди това е потушено Войнишкото въстание. Царят си е давал сметка, че войниците са напълно демобилизирани след 6 години с малки прекъсвания войни и се задава второ поражение за България след това в Междусъюзническата война. Напълно наясно е, че Протогеров, заедно с Тодор Александров, са лидерите на ВМРО. Срещата започва с обичайния учтив поздрав, след който Негово Величество твърде ласкаво хвали Протогеров за ролята му в победата над бунтовниците на Райко Даскалов. Повишил го в звание генерал-лейтенант и твърде остро му заговорил за предателството на правителството към съюзниците от Антантата с подписването на Солунското примирие. Според него
България се задължава да се оттегли от завладените през войната територии, да разпусне армията си и да бъде частично окупирана от съюзнически войски, а царят да абдикира.
След това Фердинанд помолил Протогеров да извърши преврат с командваните от него войски, да арестува старото правителство и под свое ръководство да състави ново, чиято цел да е да го запази на българския трон и да продължи военните действия. За целта трябвало според царя временно да се отстъпи на Балканите, но после да се премине в настъпление. То щяло да бъде подкрепено от добре обучени германски войски, които вече се подготвяли да пристигнат на помощ на българите. На генерала му станала ясна целта на тайното му извикване в двореца, необичайната царска любезност и светкавичното му повишаване в звание. Той остава твърд в разбиранията си и заявява на Фердинанд, че в интерес на отечеството е час по-бързо да напусне България.
Убийството му хвърля в смут не само привържениците на ВМРО, но и столичани. То привлича вниманието и на Европа и е отразено във всички големи континентални вестници. Вестник “Таймс” пише, че с това убийство целта на македонските революционери от крайното крило била да се попречи на всякакво разбирателство между София и Белград.
Още на следващия ден тръгват и догадките в опит да се отговори на въпроса кой и защо уби Александър Протогеров.
За организатори най-напред са посочени сръбските агенти, после задграничното представителство на ВМРО със седалище във Виена. Едва след година Иван Михайлов, тогава само член на ЦК на ВМРО, обявява че доскорошният му другар е убит "по решение на Централния комитет". Той не визира себе си. Днес преобладава мнението, че генералът е убит лично по нареждане на Иван Михайлов, воден от желание за вождизъм и да доминира в македонската организация. Нещо, което и става до самата му смърт през 1992 г.
Историята през 1928 година обаче става още по-странна седмица след смъртта на Протогеров. На 13 юли в Белград е направен опит за убийството на директора на Обществената безопасност на Сърбия и заместник-министър на вътрешните работи Жика Лазич.
Според показания от разследването нападателят влиза в кабинета му и на въпроса защо иска посещението отговаря, че е от Щип и идва, за да получи разрешение за пребиваване в Белград. След това вади пистолет и стреля два пъти, като с първия куршум ранява Лазич в главата над дясното ухо, а вторият се забива в стената. Стреля още два пъти, но директорът вече се е скрил под бюрото си и куршумите не го засягат. След като охраната нахлува в кабинета, нападателят се самозастрелва и умира в агония след три дни в болницата, където го диагностицират с последен стадий на туберкулоза. По документа за придвижване от Македония до Белград той е Момчил Йованович от Щип, но истинското му име е Иван Момчилов.
Покушението е финансирано и организирано от ВМРО
с посредничеството на Григор Милчинов, живеещ по това време в Загреб.
Момчилов е емигрирал през Гърция в Сърбия през 1923 година, а в родината си е бил финансов инспектор.
Живял в различни градове на Сърбия и осъществявал непрекъснати контакти с различни полицейски началници. Именно те му предлагат срещу съответно заплащане в България да убие Иван Михайлов. Идеята за това е на Жика Лазич, който поддържал връзка с българските емигранти от Македония с помощта на Михаил Тодоров. Момчилов приема. През Битоля и Солун, където му е издаден гръцки паспорт, и Цариград пристига във Варна, а оттам в София. Финансиран е на няколко пъти с 20 долара, 1500 и после с още 1000 драхми, 6000 и още 5000 лева, както и други по-дребни суми. В София обаче е разкрит от хората на Иван Михайлов. Как са го обработвали и какво са правили с него, остава неизвестно, но на 25 април на ул. „Пиротска” те организират мним атентат срещу лидера си, когото Момчилов в писмата си нарича Малкия. На 27 април неосъщественият атентатор преминава границата при връх Руен, като е пропуснат от постовете и дава отчет за извършеното от него.
Сърбите също са проверили и на първо време са останали с убеждението, че Иван Михайлов е мъртъв.
От Жика Лазич Момчилов очаква награда и именно това е поводът да влезе в кабинета му. Сръбските тайни служби обаче са направили повторна проверка, вече се съмняват в истинността на твърденията му и започват да отговарят уклончиво за обещаните пари, докато се уверят какво точно е направил Момчилов. Разбрал, че няма да получи парите той решава да убие Жика Лазич.
След още 6 дни таен пратеник на френското правителство се среща с генерал Протогеров
Франция, подкрепяна от Великобритания, е обезпокоена от обстановката и политическата несигурност, предизвикани в Югославия както от италианската намеса във вътрешните работи на страната, така и от атентатите и четите на ВМРО, които преминават границата. Пратеникът опитва да убеди българския генерал, че трябва да спрат атаките на българските чети по границата и атентатите във вътрешността на страната. И тогава французинът му казва, че в края на краищата македонските харамии ще попречат на отпускането на заем за стопанската стабилизация на битата в Първата световна война България или ще го получи, но при най-утежнени условия.
По това време лидерите на ВМРО са трима – Александър Протогеров, Георги Попхристов и Иван Михайлов. Французите са преценили, че да искат подобно нещо от Иван Михайлов, граничи с безразсъдство. Георги Попхристов пък стои малко встрани, дълго време е в Битоля и проявява по-голяма активност при организиране на общия конгрес през 1928 г., а след това е в групата на несъгласните с вождизма на Иван Михайлов, който пък след 3 години го принуждава да се оттегли от ръководството на организацията.
След няколко дни Протогеров се среща с Иван Михайлов и му обяснява, че е в интерес на България ВМРО да спре убийствата, а той лично щял да продължи да работи за нормализиране на отношенията между балканските държави. Иван Михайлов избухва и му крещи, че това за нищо на света не може да стане. След срещата Протогеров тръгва за Македония, среща се с местните войводи. Някои от тях се съгласяват с предложената им политика, но други категорично я отхвърлят.
Изглежда, че Александър Протогеров дълго е узрявал за подобна идея, а враждата между двамата е по-стара. Още от март 1928 г. в средите на ВМРО се обсъжда да се свика конгрес на организацията. На предишния в Солун
Александър Протогеров се е противопоставил на четническата тактика на Иван Михайлов и му е заявил, че “ще го постави на мястото му”
Още при подготовката на новия конгрес един от приближените на Александър Протогеров, Георги Наков, заявява, че “Щом се откриха работите вече, ще играем с открити карти”. Мандатът на ЦК е изтекъл през февруари. На 8 март 1928 г. е съставен протокол и пратено окръжно за избиране на делегати. Разправията е за делегатите. Протогеров настоява за общи кандидатски листи за Задграничното представителство и Централния Комитет и за съставянето на протокол за това. Михайловистите обаче не са съгласни, защото при това положение ще загубят делегати, тъй като по-голямата част от организацията се съобразява с мнението на Протогеров. Те го обвиняват, че прави комплоти, и започват да твърдят, че организацията ще се разцепи, ако това се приеме. При тези неразбории конгресът все още остава да виси във времето. Михайловистите дори инсталират един микрофон в стаята където се събират привържениците на Протогеров и уж били чули там да се говори, че само един човек да падне и всичко ще се уреди – “Иван Михайлов да бъде премахнат”. Сигурно и те са имали своите основания, защото в организацията още витае полуистината, че Протогеров е премахнал Тодор Александров. Иван Михайлов пише писмо до него и Георги Попхристов, в което предупреждава, че ВМРО преживява една криза, която уронва престижа ѝ и че за да се преодолее конгресът трябва да се свика в най-близките дни.
В тази шпионска обстановка веднага след срещата си с Иван Михайлов в началото на юли Александър Протогеров нарежда верните му хора да наблюдават всяко негово действие и като мярка за собствената си безопасност не съобщава на никого къде ще пътува на другия ден и с кого ще се среща. След ден те му докладват, че Иван Михайлов напуснал София и заминал за Петрич. Тогава Протогеров се връща в София и е... убит.
Двама от тримата му убийци са установени като Почев и Первов. След изстрелите срещу него те хукват през полето, тъй като убийството е станало в тогавашните покрайнини на София. Преминават през границата, установяват се в Югославия и после стават агенти на италианеца Дордон, влизат във връзка с Иван Михайлов и той ги приема в организацията, за което пък донасят на италианския си покровител. Иначе създават чети и започват терористична дейност по границата със Сърбия.
Както пишат съвременниците му, генерал Протогеров е човек с широк поглед върху политическата реалност от онова време в Европа
и не прави тесногръда политика на криворазбран шовинизъм. Той не иска кръвопролития в организацията, нито въоръжаване на чети и излишно нагнетяване на напрежението със Сърбия. Това му осигурява и добри контакти в политическите кръгове на Европа. Още през 1917 г. нему се е паднала честта да държи връзка между нашето и немското правителства. На 17 декември е поканен на тържество от Фон Клук и председателя на Райфайзен банк Глазен, за да преговарят за нови заеми. Това е не само заради уменията му на политик, а и защото е виден масон. През 1917 година дотогавашната ложа “Заря” се разделя на две – “Зора” номер 1 и “Светлина”. В първия сезонен управителен съвет за Велик майстор е избран генерал Александър Протогеров. Това е станало, защото той има дългогодишни контакти с великата ложа на Франция. По тези канали той изгражда връзките си с Австрия, Унгария, Германия, Италия и дори с недалюбващата ВМРО Франция.